Mascotニューズレター 1月号

Mascotニューズレター2015年1月号をお届けします。

今回はプロダクトイオンの質量精度が向上したとき、MIS検索にとってどのような利点があるのかをご説明しています。ご参考になれば幸いです。

Mascotニューズレターで取り上げてほしい話題や研究論文がありましたらぜひご紹介ください。また、 Mascotニューズレターの内容に関して、お気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

MIS検索におけるプロダクトイオン質量精度向上の利点

ここ数年の質量分析計システムの進歩は驚くばかりで、質量精度に関しましては、プリカーサイオン質量を数ppmの精度で測定するのはもはや普通のことになっていますし、最近では、プロダクトイオン質量も高精度で測定できるようになってきましたので、MascotのMIS検索によって得られる検索結果もより高品質になってきました。

MIS検索におけるスコアは、マッチしたプロダクトイオン質量ピークの組み合わせで決まりますので、弊社のブログでも議論しているように、プロダクトイオン質量を高精度に測定できたとしても、その分スコアが高くなるわけではありません。また、スコアに関係する次の項目は質量精度とは別の問題になります。

• ピークがノイズ由来なのか修飾残基由来なのかを区別する
• 開裂しない場合はプロダクトイオンピークが存在しない
• 質量が同じものは区別できない（I＝L、D＝deamidated N）
• 短いアミノ酸配列ほど偶然にマッチする可能性が高い

プロダクトイオン質量の高精度化がMIS検索に及ぼす利点は、マッチしたペプチドが偶然なのか必然なのかを区別しやすくなることです。質量データは現実に存在するペプチドに由来していますので、スコアが高くなり偶然のマッチングではないことが示されますが、質量精度が高くなるほど偶然にマッチするプロダクトイオンピークの組み合わせは減り、そのペプチドに対するスコアは極端に低くなり、両者のスコアの差はより大きくなます。従いまして、プロダクトイオン質量の測定精度が高くなるほど、MIS検索結果における偶然と必然を明確に区別できるようになります。

この話題に関しては弊社のブログ（「 High mass accuracy: precursors」および「High mass accuracy: fragments」）をご覧ください。

Mascotを利用した研究論文の紹介

Mascotニューズレターで取り上げてほしい話題や研究論文かありましたらぜひご紹介ください。また、 Mascotニューズレターの内容に関して、お気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

Rapid Identification and Quantitative Validation of a Caffeine-Degrading Pathway in Pseudomonas sp. CES

Chi Li Yu, Ryan M. Summers, Yalan Li, Sujit Kumar Mohanty, Mani Subramanian, and R. Marshall Pope

J. Proteome Res., 2015, Vol. 14(1), 95-106

With over 400 billion cups of coffee consumed each year, the environmental burden of the by-products is becoming a serious issue. This paper looks at microorganisms that can metabolize caffeine, potentially remediating some wastes, and uses proteomics methods to elucidate the enzyme pathways.

The authors performed quantitative comparisons of proteomes from bacteria grown in the absence and presence of caffeine using stable isotope dimethyl labeling and multiplexed LC-MS/MS assay. They discovered a number of caffeine-degrading enzymes in the CES strain with highly-induced capacity for caffeine degradation. The differences in the abundance of particular proteins were confirmed by reciprocal labeling experiments, and the role of the identified proteins in caffeine degradation was verified by genetic sequencing.

Proteomic Forum 2015（独ベルリン）

「Proteomic Forum 2015」（独ベルリン：3/22-25）におきまして、弊社主催のランチョンセミナー「Large Scale Proteomics」を開催します。

• Analysis of the human proteome in proteomicsDB, Bernhard Kuster, Technische Universitaet Muenchen
   
• Reporting complex quantitation data sets using Mascot Insight, Patrick Emery, Matrix Science Ltd.

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