Mascotニューズレター 5月号

ASMS 2015（セントルイス）に合わせ、5/31(日)に「Mascot Workshop and User Meeting」を開催します。今回は Susan Weintraub 先生と Marshall Pope 先生にお話しいただきます。ぜひご参加ください。

データベース検索を利用した修飾サイトの解析（site analysis）は、Mascotを使うととても簡単に処理できます。

Mascotニューズレターで取り上げてほしい話題や研究論文かありましたらぜひご紹介ください。また、 Mascotニューズレターの内容に関して、お気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

今月の小技では、糖ペプチド解析に関する話題を取り上げました。

ASMS 2015 ユーザーミーティング

第63回米国質量分析学会（ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics）に合わせ、「Mascot ワークショップ ＆ ユーザーミーティング 2015」を開催いたします。詳しくはこちらをご覧ください（英語版はこちらです）。

• 8:00 – 8:30 受付（朝食をご用意しております）
   
• 8:30 – 10:15 セッション１
   
  • Welcome
  • Hosting Mascot Server in ‘The Cloud’
  • In vivo characterization of bacterial metabolism, Marshall Pope, University of Iowa
  • Getting to grips with histone modifications
     
• 10:15 – 10:45 休憩
   
• 10:45 – 12:30 セッション２
   
  • Publishing proteomics data: how to win reviewers and influence editors, Susan Weintraub, University of Texas Health Science Center at San Antonio
  • Reporting complex quantitation data sets using Mascot Insight
  • How do I do that? – Tips and tricks from an expert

修飾サイト解析

Mascot検索によって修飾の位置が互いに異なるペプチドが複数マッチした場合、どの修飾サイトを持つペプチドが正しいのかを、それらのイオンスコアの差（Mascot Delta scoreと呼んでいます）から確率を計算し、Peptide View Reportページの「Site Analysis」項に表示しています。Mascot Delta score は Bernhard Kuster 先生の研究グループが開発した手法を元にしており、Mascot Server 2.4 以降でサポートされています。なお、次の条件を満たしたMascot検索結果に対して修飾サイト解析が行われます。

• 最も高いスコアでマッチした修飾ペプチドが複数の修飾サイトを持つ
• 最も高いスコアでマッチした修飾ペプチドが有意なスコア持つ
• 修飾位置が異なる２個以上のペプチドがマッチしている

詳しくはブログ「Site analysis」をご覧ください。

Mascotを利用した論文の紹介

Mascotニューズレターで取り上げてほしい話題や研究論文かありましたらぜひご紹介ください。また、 Mascotニューズレターの内容に関して、お気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

Global Analysis of Myocardial Peptides Containing Cysteines With Irreversible Sulfinic and Sulfonic Acid Post-Translational Modifications

Jana Paulech, Kiersten A. Liddy, Kasper Engholm-Keller, Melanie Y. White and Stuart J. Cordwell

Molecular & Cellular Proteomics (2015) 14: 609-620.

Cysteine oxidation is an important post-translational modification associated with redox signaling and oxidative stress. While there are a number of methods for the analysis of the reversible cysteine PTM's, the irreversible [-SO₂H, -SO₃H] modifications are more challenging. Not only is cysteine the second-least abundant amino acid in proteins, but these modifications occupy only 1-2% of these sites under physiological conditions, thus, efficient enrichment is critical.

The authors exploited the unique characteristics of tryptic peptides containing Cys-SO₂H/SO₃H to generate a novel method based on sequential negative selection by electrostatic repulsion using SCX followed by positive selection by hydrophilic interactions using HILIC. They identified 181 Cys-SO₂H/SO₃H sites from rat myocardial tissue subjected to physiologically relevant concentrations of H₂O₂ or to ischemia/re-perfusion injury.

今月の小技

糖はサイズが大きく、heterogeneous な構造を持つため、糖ペプチドの解析は容易ではありません。CID / HCD では、糖鎖部分が優先的に開裂してしまい、ペプチド由来のプロダクトイオンの信号強度が弱いため、修飾サイトの解析は困難です。一方、ETD では糖鎖部分はそのまま保持した状態で c および z シリーズのプロダクトイオンを生成しますので、糖ペプチドを同定することができます。従いまして、CID と ETD を組み合わせることにより、糖ペプチドの同定と糖鎖修飾サイトをより高い精度で解析することが可能となります。

修飾データベースである「Unimod」には、最近まで糖鎖関連の登録が少なく、また、それらのエントリにはニュートラルロスに関する情報は含まれていませんでしたので、CID / HCD によって発生するプロダクトイオンに対するマッチングは実用的ではありませんでしたが、先日、2kDa未満の糖鎖のエントリを大幅に増やし、ニュートラルロスの情報も付加しましたので、糖鎖ペプチドに興味をお持ちの方は最新版の unimod.xml をダウンロードし、ぜひお試しください。

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