英語のWeb版はここをクリックしてください   日本語のWeb版はここをクリックしてください

newsletter banner

Mascotニューズレター 7月号

技術的な質問の中で、「それどうやるの?」の系統の質問と回答をまとめた「How do I do that?」書類を作成しました。

Mascotニューズレターで取り上げてほしい話題や研究論文かありましたらぜひご紹介ください。また、 Mascotニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

Webcastトレーニングコースの内容を更新しました。

 

July 2015

それどうやるの? - How do I do that?
Mascotを利用した研究論文の紹介
Webcastトレーニングコース
 

それどうやるの? - How do I do that?

10項目の「それどうやるの?」をまとめた「How do I do that?」書類を作成しました。たとえば次のような項目があります。

  • Find a non-specific modification - 修飾を受けるアミノ酸残基が特定できない場合、たとえば FuzzyMod (ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY) のような修飾エントリを作成したくなりますが、この修飾エントリを使ってMascot検索を実行すると、場合の数が多すぎてメモリエラーとなり、Mascot検索はクラッシュします。Mascot検索で何を検出したいのかを考えることが必要です。

  • Metabolically labelled samples - 代謝的にラベルされた 15N や 13C のサンプルに対してMascot検索を実行したい場合は、Mascot検索条件設定画面の [Quantitation] から対応するプロトコルを選択すると楽です。

  • Free up disk space on your Mascot Server - Mascot検索結果ファイルはどんどんたまっていきますので、いずれHDDが満杯になります。定期的に古いcacheファイルを消したり、検索結果ファイルを圧縮するユーティリティプログラムを用意してありますのでご利用ください。

詳しい内容と、他の7つの項目については How Do I Do That? をご覧ください。

metabolic

Mascotを利用した論文の紹介

Mascotニューズレターで取り上げてほしい話題や研究論文かありましたらぜひご紹介ください。また、 Mascotニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

 

Simultaneous Enrichment of Plasma Soluble and Extracellular Vesicular Glycoproteins Using Prolonged Ultracentrifugation-Electrostatic Repulsion-hydrophilic Interaction Chromatography (PUC-ERLIC) Approach

Esther Sok Hwee Cheow, Kae Hwan Sim, Dominique de Kleijn, Chuen Neng Lee, Vitaly Sorokin and Siu Kwan Sze

Molecular & Cellular Proteomics (2015) 14: 1657-1671.

The authors investigated circulating glycoproteins and extracellular vesicles secreted from damaged or infected host cells and tissues, potential sources of biomarkers of human pathologies. The study showed that glycoprotein enrichment by PUC-ERLIC facilitates the simultaneous recovery of both secretory and extracellular vesicle-derived glycoproteins from non-depleted human plasma.

In a single LC-MS/MS run, the authors identified 127 glycoproteins in human plasma samples, including 599 unique glycopeptides and 361 unique glycosylation sites. The PUC-ERLIC method enabled the detection of 48 low-abundant glycoproteins (pg/ml-ng/ml) in human plasma without the need for prior depletion of high-abundance molecules. Using plasma obtained from heart disease patients, they identified, LYVE1, a cardiac-specific remodeling glycoprotein that has been reported to be involved in myocardium healing.

Thumbnail from featured publication

Webcastトレーニングコース

オンラインのMascotトレーニングコースとして Webcastトレーニングコース を提供しています。項目別にプレゼンテーション資料(PDFファイルとしてダウンロードすることができます)とオンラインビデオを用意してありますのでご利用ください。オンラインビデオは このリンク から直接アクセスすることができます。先日アップデートし、Mascot 2.5の内容を反映させました。

Mascotの理解度を測定するために Webcast course examination をご用意いたしました。36個の4択問題で構成されています。制限時間は1時間、36点満点で、正解が75%(26点)以上の場合は認定証を発行いたします。ぜひお試しください。

Mascot training

Mascot training

お問い合せ

マトリックスサイエンス株式会社

〒101-0021 東京都千代田区外神田6-10-12 KBビル3F

info-jp@matrixscience.com

電話:03-5807-7895

ファクシミリ:03-5807-7896

 

Matrix Science logo

Matrix Science Ltd, 64 Baker Street, London W1U 7GB, UK
T +44 (0)20 7486 1050  F +44 (0)20 7224 1344  E info@matrixscience.com
 

View in a web browser Forward to a colleague Unsubscribe