Matrix Science Mascot Newsletter June 2016

2016年6月号

米国サンアントニオのASMSカンファレンス会場にて開催した「Mascot 朝食セミナー」にご参加くださいましてありがとうございました。セミナーで使用した資料をアップしましたのでご覧ください。

Mascot Distillerの新しいバージョンをリリースしました。

Mascot を利用した研究論文を紹介しています。取り上げてほしい話題や研究論文がありましたらぜひご紹介ください。また、 Mascot ニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

今月の小技では、Windows PCに負荷がかかった状態の時にMascot検索を実行すると、Mascot検索が異常終了したように見えることがありますが、その理由と対策についてご説明します。

Mascotニューズレターのバックナンバーはこのページからご覧いただけます。日本語版は「Japanese」リンクをクリックしてください。


Mascot Distiller 2.6 Mascot Distillerの新しいバーションである2.6をリリースしました。次のような新規または拡張機能を実装しました。 Watersの MS^E 質量データをサポートしました。定量解析にも対応しています。 MS³スキャンに対するレポーターイオン定量（iTRAQ及びTMT）をサポートしました。同じプリカーサ由来の、異なるタイプのスキャンのスペクトルの一部または全てをひとつにまとめることができます。 AB Sciex社のWiffファイルに対してAB Sciex社のピーク抽出アルゴリズムを選択出来るようにしました。ピークリストのスキャンタイプ（イオンシリーズ）を明示的に設定できるようにしました。 Processing optionの内容を見直すとともに、直感的に選択しやすくしました。詳しい内容につきましては資料をご覧ください。また30日間有効な試用ライセンスを用意してありますのでお試しください。


Mascotを利用した論文の紹介 Mascotニューズレターで取り上げてほしい話題や研究論文がありましたらぜひご紹介ください。また、Mascotニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。.
Mass spectrometry-based absolute quantification reveals rhythmic variation of mouse circadian clock proteins Ryohei Narumi, Yoshihiro Shimizu, Maki Ukai-Tadenuma, Koji L. Ode, Genki N. Kanda, Yuta Shinohara, Aya Sato, Katsuhiko Matsumoto, and Hiroki R. Ueda PNAS (2016) 113, E3461, online: May 31, 2016 This study looked at the core circadian clock proteins in a mammalian system and quantified them with multiplexed SRM-based targeted proteomics. The authors used LC/MS-based "quantification by isotope labeled cell-free products" (MS-QBiC). This method uses a reconstituted cell-free protein synthesis system for high-throughput preparation of internal standards. After 2 weeks of light/dark conditioning of the mice, livers were collected and analyzed at 6 time points using 120 QBiC peptides. Sixteen proteins from 20 selected circadian clock proteins were successfully quantified from the mouse livers over a 24-h time series, and 14 proteins had circadian variations. The study also demonstrated that single-time-points can predict body time, showing that expression levels of each circadian protein are potential markers for body time detection in human samples.


今月の小技 Mascot ServerがインストールされているPCの負荷が高く重たい状態の時にMascot検索を実行すると失敗することがあります。PCの負荷が低いときに同じMascot検索を実行すると当たり前のように成功します。Windowsのインターネットインフォメーションサービス（IIS）のログを見ると「Timer_MinBytesPerSecond」に関するエラーが出力されています。 IIS（サーバー）とクライアント間の通信が非常に遅くなったときにこの問題が起こります。IISはMascotとの通信量が240バイト/秒を下回ると、Mascot検索を強制終了します。 IIS 7.0以降ではこの通信量設定値を使わないように、Windowsのコントロールパネルから次の操作を通じて設定することができます。 [コントロールパネル]→[システムとセキュリティ]→[管理ツール]→[インターネットインフォメーションサービス (IIS) マネージャー]→接続ウインドウからホスト名を選択→[構成エディター]→「セレクション」から[system.applicationHost]を展開→[webLimits]→「MinBytesPerSecond」の値を「240」から「0」に変更→「操作」ウインドウの[適用]→PCの再起動 IIS 6.0（Windows Server 2003、Windows XP pro x64）では、「MinFileBytesPerSec」に設定されています。操作方法は KB919797 をご覧ください。

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