2017年8月号

「Mascotセキュリティ」を有効にすると、Mascotユーザの利用レベルに対応したMascot検索環境を提供することができます。

先月号のニューズレターでご案内した「暗黒物質クラウドソーシング」 の 進捗状況 ですが、これまでに5種類の修飾が解明されました。残りの15種類の「mass difference」に関しても引き続き皆様のお力添えを賜りたくよろしくお願いいたします。

Mascot を利用した研究論文を紹介しています。取り上げてほしい話題や研究論文かありましたらぜひご紹介ください。また、 Mascotニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

今月の小技は、発現量が極端に異なる定量解析の話です。

Mascotニューズレターのバックナンバーは このページ からご覧いただけます。日本語版は「Japanese」リンクをクリックしてください。

MascotセキュリティでみんなのMascot検索を快適に

ひとつの組織にMascotを利用する複数の研究グループがある場合、研究グループ毎に「小さな」Mascot Serverをたてるよりも、ひとつの「大きな」Mascot Serverを構築して共同運用する方が利用効率および費用効果が高くなります。一方で、研究情報漏洩の可能性と一部のユーザによる検索リソースの専有という問題を想像すると、共同利用に対する抵抗感が芽生えて面倒な気分になりますが・・・このふたつの問題解決に「Mascotセキュリティ」機能をお役立てください。

まず情報漏洩に関してですが、「Mascotセキュリティ」にはMascotのリソースに対してアクセス制限をかける機能がありますので、たとえばある研究グループが独自に作成した配列データベースや修飾、検索結果の閲覧に対して、指定したユーザやPCからのアクセスを制限することができます。

Mascot検索の優先順位に関しては、登録グループ毎に同時検索本数、最大検索時間、検索優先順位を設定することができます。

Mascot検索に慣れていないユーザや「全部入り」に拘るユーザは、より大きなデータベース、全生物種、より多くの修飾を選択する傾向がありますので（失礼！ 気を悪くしないでください）、いつまでも終わらない検索が始まり、やがて検索は忘れられ、運良く思い出せばまだ検索中で、やむなく強制終了という経験があるかもしれません。「Mascotセキュリティ」にはデータベースの使用、「no enzyme」検索の実行、設定修飾数に対して制限をかけることができます。

「Mascotセキュリティ」の使い方や設定例をまとめてありますのでご覧ください。
▶ 日本語資料
▶ 英語資料：privacy settings｜priority settings

Mascotを利用した論文の紹介

Mascotニューズレターで取り上げてほしい話題や研究論文がありましたらぜひご紹介ください。また、Mascotニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

EnCOUNTer: a parsing tool to uncover the mature N-terminus of organelle-targeted proteins in complex samples

Willy Vincent Bienvenut, Jean-Pierre Scarpelli, Johan Dumestier, Thierry Meinnel and Carmela Giglione

BMC Bioinformatics, 2017, 18:182

The authors have developed a new tool called EnCOUNTer (Extraction and Calculation Of Unbiased N-Termini) which can determine the position of the protein N-terminus as well as the N-terminal acetylation yield for hundreds to thousands of candidates.

The workflow consists of acetylated and digested proteins fractionated on an SCX column, then analyzed by LC/MS/MS. Peptide N-terminal acetylation status was investigated using the Mascot Distiller quantification option, looking at the d3-Acetyl (chemically induced modification) or d0-Acetyl (endogenous modification). The EnCOUNTer tool requires the Mascot Distiller exported file, the associated Mascot search results and an optimized parameter file.

The N-terminal scoring was delineated according to six coefficients: i) peptide starting position, ii) residues around the starting position, iii) characterized N-terminal modifications, iv) alternative start positions at the vicinity of the starting position, v) matched peptide redundancies and iv) the Localization score. When applied to A. thaliana cell lysate, the EnCOUNTer tool was able to characterize more than 1200 N-termini of which almost 600 were quantified for N-terminal acetylation yield.

今月の小技

SILACのような方法を使って発現タンパク質を比較定量する際、安定同位体で標識したアミノ酸への置換は不完全である（標識化率は100％ではない）ため、「light」に比べて「heavy」が非常に強く「up-regulated」しているようなタンパク質の場合は発現量の比が不正確になりますので注意する必要がありあます。

たとえば、サンプルAの発現量がサンプルBの1000倍だった場合、理論的な発現量の比（A/B）は1000/1=1000となります。しかし実際の実験ではサンプルAを99％しか標識できなかったとすると、未標識のサンプルAは1%残っていますので、測定値から計算したA/Bは、

  (1000*0.99)/(1000*0.01+1)=90

となり、一桁以上の誤差が生じます。

このような極端な例は希かもしれませんが、もし問題になるようであれば、標識する対象サンプルを逆にして、「up-regulated」なペプチドをラベル化しなければ、

  A/B=(1000+1*0.01)/(1*0.99)=1010

となり、誤差は小さくなります。

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