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2018年8月号

残暑お見舞い申し上げます。

フロリダ州オーランドで開催される HUPO 2018 に出展します。ブース内に無料相談コーナーを設置して皆様のご来場をお待ちしております。

Mascot Distiller 2.7はピーク抽出の処理を高速化するとともに精度を向上させました。ベンチマーク結果を使ってご説明します。

「今月の論文」では、細胞外マトリックス(ECM : Extra Cellular Matrix)内のプロテアーゼ基質を決定した研究例をご紹介しています。お客様が取り上げてほしい話題や研究論文がありましたらぜひご紹介ください。

「今月の小技」では、Mascot検索および検索結果ページ作成の際に使用するペプチドの長さ設定についてご説明します。

Mascotニューズレターのバックナンバーは このページ からご覧いただけます。日本語版は「Japanese」リンクをクリックしてください。また、Mascotニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

今月のトピックス

無料相談 at HUPO 2018
新生Mascot Distiller 2.7
今月の論文
今月の小技 : ペプチド長の設定
 

無料相談コーナー
at HUPO 2018 Orlando

HUPO 2018(フロリダ州オーランド:9/30〜10/3) では展示ブース内に質問・相談コーナーを設置します。あらかじめ ご予約 いただければお客様専用の時間枠をご用意いたします。Mascot検索等に時間がかかる大きなデータは前もって処理しておくこともできますのでお気軽にご相談ください。

  • Error tolerant検索や翻訳後修飾についてわからないことはありませんか?
  • 新しい定量法を試したいが設定項目や操作方法を具体的に知りたい
  • 新規データベースを正しく追加できたかどうかいまひとつ不安
  • Mascotのセキュリティ機能を使いたいがお薦めの設定条件を相談したい
  • 普段から気になってはいるがそのまま放置している検索結果項目の内容を詳しく知りたい

ブース番号は「307」です。ご相談日時のご予約等は こちらから どうぞ。

Not Richard

新生Mascot Distiller 2.7

Mascot Distiller 2.7では、プロファイルデータの処理方法を改良し、ピーク抽出速度を劇的に高速化するとともにピーク抽出と電荷計算の精度を飛躍的に高めました

Mascot Distiller 2.6までは、質量プロファイルのデータポイントが均一ではない領域に対して、「re-griding」と呼ばれる手法を使って質量スケールが線形になるようにデータポイントを補完する処理を行った上で、理論的同位体分布曲線フィッティングによるピーク抽出を行っていましたが、Mascot Distiller 2.7では生のプロファイルデータに直接フィッテイングするように改良しました。また、ピーク抽出と電荷計算の精度を高めました。これらの改良によって、ピーク抽出処理に要する時間は大幅に短縮化されると同時に、ペプチドのスコアをより向上させることに成功しました。

Thermo QExactiveで測定された10個のSILAC定量データセット(MSとMS2のスペクトル合計数は120万個)をMascot Distiller 2.6と2.7で処理して比較したところ、ピーク抽出処理時間は8日から3時間に、定量計算時間は2.5日から16時間に大幅に減少しました。また、1%FDRのPSM(Peptide-Spectrum Match:ペプチドにマッチしたMS2スペクトル数)は1.2倍になりました。詳しくは ブログ をご覧ください。

古いバージョンのMascot Distillerをお持ちのお客様は このページ からバージョンアップすることができます。

Mascot Distillerに興味をお持ちのお客様は30日間無償にてお試しいただけますので、
Mascotサポート : support-jp@matrixscience.com
にお問い合わせください。

Mascot Distiller

今月の論文

Mascotニューズレターで取り上げてほしい話題や研究論文がありましたらぜひご紹介ください。また、Mascotニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

 

A Selective Extracellular Matrix Proteomics Approach Identifies Fibronectin Proteolysis by A Disintegrin-like and Metalloprotease Domain with Thrombospondin Type 1 Motifs (ADAMTS16) and Its Impact on Spheroid Morphogenesis

Rahel Schnellmann, Ragna Sack, Daniel Hess, Douglas S. Annis, Deane F. Mosher, Suneel S. Apte, and Ruth Chiquet-Ehrismann.

Molecular & Cellular Proteomics, 2018, 17, 1410-1425

The authors investigated the role of the secreted protease ADAMTS16 and its effect on fibronectin (FN) and the assembly of the extra cellular matrix (ECM). Until now ADAMTS16 had been an orphan protease, without known substrates, although it has been linked to several human diseases such as cancer and hypertension.

They used a cell-free ECM produced in vitro by BALB/c fibroblasts and seeded it with HEK-EBNA cells that were transfected to produce the ADAMTS16 protease. HEK-EBNA cells stably expressing various ADAMTS16 constructs were seeded on top of the FN and the medium was analyzed by Western blotting and LC-MS/MS.

The authors confirmed a large reduction of FN fibrils in the presence of ADAMTS16, and temporal analysis of the FN assembly suggests that ADAMTS16 primarily interferes with initiation and maturation of the fibrils. Additionally the release of the 30 kDa FN fragment indicates that ADAMTS16 is also capable of degrading FN fibrils.

Thumbnail from featured publication

今月の小技:ペプチド長の設定

Mascot Serverは次の2つの設定を使って、検索または検索結果ページ作成の際に考慮すべきペプチド長を制限しています。

  1. MinPepLenInSearch : この値よりも短いペプチドは検索しない
  2. MinPepLenInPepSummary : この値より短いペプチドはタンパク質の推定には使用しない

たとえば、MinPepLenInSearchを7に、MinPepLenInPepSummaryを10に設定した場合は、検索結果ページには検索でマッチした7残基以上のペプチドが表示されますが、10残基未満(7〜9残基)のペプチドはタンパク質の推定には使われません。すなわち、マッチした10残基以上のペプチドを使って推定されたタンパク質群に対して「Same-set」、「Sub-set」、「Intersection」の関係性を求め、樹形図とともにProtein Familyとして表示します。

最近のバージョンのMascot Serverでは、両者の値は7に初期設定されていますが、これらの値を小さくする場合は注意が必要です。「MinPepLenInSearch」の値を小さくすると、検索対象となるペプチドの数が増加しますので、期待値p(=P*N)は大きくなり、検索時間は長くなります。「MinPepLenInPepSummary」の値を小さくすると、階層的クラスタリング処理によってグルーピングされた「Protein Family」の中に、ファミリーとは関係がないタンパク質(特に「Intersection」に分類されるタンパク質)が含まれる可能性が高くなります。

なお、このセクションで使用した用語につきましては 「Mascot Server 取扱説明書」 (18頁:4 スコアリング、26頁:5-3 タンパク質の推定、30頁:5-7 Protein Family Summary (MIS/SQ))をご覧ください。

short peptide

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