2020年5月号

弊社製品の保守サービスをご契約いただいているお客様向けに、迅速かつ確実な技術サポートをご提供するために「TeamViewer」と「Zoom」を導入いたしました。詳しくは オンラインサポート拡充のご案内 をご覧ください。

「今月のブログ」では、リモートな研究業務環境でMascotを利用する際に必要なネットワーク環境についてご説明します。

「今月の論文」では、SARS-CoV-2に感染した細胞のショットガンプロテオミクスに関する研究論文を取り上げました。

「今月の小技」では、Mascotのヘルプページから参照したいトピックスを見つける方法についてご説明します。

Mascotニューズレターの バックナンバーはこのページ からご覧いただけます。日本語版は「Japanese」リンクをクリックしてください。また、Mascotニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

リモートな研究業務環境でMascotを利用する

弊社のソフトウエア製品はクライアント/サーバー・モデルに対応していますので、関連するソフトウエアが互いにネットワークで接続されていれば場所や時間に囚われることなく利用することができます。今後もリモートによる研究業務の機会が増えると思いますので、Mascotをリモートで利用する際のネットワーク環境についてご説明いたします。

企業や研究機関では、組織内のネットワークと組織外のネットワーク（インターネット）を安全に分離するために両者のネットワークの接合点にファイアウォールの仕組みを構築していますので、たとえば自宅からインターネットを経由して組織内ネットワークに接続されているMascot Serverにアクセスする際は、その接合点を管理するルータのポートフォワーディング機能を使ってVPNあるいはSSHに対応するポート（通常は80番：HTTPプロトコル、443番：HTTPSプロトコル）を経由して接続できるように設定します。組織内のMascot Serverにアクセスするには、ルータのIPアドレスや、Mascot Serverの完全修飾名（インターネットの世界で唯一なホスト名）を指定します。ちなみに弊社では、社内のVPNサーバと自宅のPCをインターネット上に構築された仮想ハブに接続して仮想的なLANを構築しています。

組織内のネットワーク上のPCにインストールされているMascot DistillerとMascot Daemonを自宅のPCまたはMacから利用する場合は「Microsoft Remote Desktop」を使うことにより、接続先のPCの仮想的なデスクトップ環境を自宅のPC/Mac上に構築することができます。逆に、自宅のPCにインストールされたMascot DistillerとMascot Daemonから組織内のネットワークに接続されたMascot Serverにアクセスする場合はVPNあるいはSSHを経由してアクセスします。

ネットワーク環境・設定方法等については ブログ にまとめましたのでご覧ください。

SARS-CoV-2に感染した細胞のショットガンプロテオミクス

Mascotニューズレターで取り上げてほしい話題や研究論文がありましたらぜひご紹介ください。また、Mascotニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

Shotgun proteomics of SARS-CoV-2 infected cells and its application to the optimisation of whole viral particle antigen production for vaccines

Lucia Grenga, Fabrice Gallais, Olivier Pible, Jean-Charles Gaillard, Duarte Gouveia, Helene Batina, Niza Bazaline, Sylvie Ruat, Karen Culotta, Guylaine Miotello, Stephanie Debroas, Marie-Anne Roncato, Gerard Steinmetz, Charlotte Foissard, Anne Desplan, Beatrice Alpha-Bazin, Christine Almunia, Fabienne Gas, Laurent Bellanger, Jean Armengaud

bioRxiv doi: 10.1101/2020.04.17.046193

この研究論文では、「COVID-19」感染症を引き起こすウイルス「SARS-CoV-2」を、MOI=0.01および0.001の条件でVero細胞に感染させ、1/2/3/4/7日後の各々をショットガン質量分析法で追跡しています。

SARS-CoV-2由来の６個のタンパク質（94個のユニークペプチド、構造タンパク質３個、非構造タンパク質３個)を検出し、経過日数に対するタンパク質量（スペクトルカウントで定量）とSARS-CoV-2 RNA分子数とを比較したところ、両者の変動は互いに相関しており、このワークフローはウイルスの増殖条件を最適化するためのツールとして有用であると報告しています。

また、Vero細胞由来として検出した3,220個のタンパク質（27,388個のユニークペプチド）に対して主成分分析およびクラスター処理を行い、SARS-CoV-2感染時のタンパク質発現ネットワークの変化を解析したところ、SARS-CoV-2のライフサイクルに関係しているタンパク質機能やパスウエイが明らかになり、新規治療薬の開発などへの応用が期待できると報告しています。

ヘルプ項目の検索方法

Mascotファミリー製品やサポートに関する情報の最新版は、ブログ記事やニューズレターとともに弊社のMascotサイト（ http://www.matrixscience.com/ ）に掲載しています。一方、お客様がお持ちのMascotのサイト（http://お客様のPCのホスト名/mascot/home.html）には、そのMascotがリリースされた時期のヘルプページだけが掲載されてます。従いまして、Mascotの技術的な項目について知りたい場合、そのバージョン特有の項目以外は弊社のMascotサイトにある最新の内容を閲覧いただくのがよろしいかと思います。

Mascotサイト内を検索するにはページ右上の「Search this site」と表示されている検索窓に検索したい単語を入力して虫眼鏡アイコンをクリックしてください。関連性が高い順に検索結果が表示されます。しかしながら、Mascot サイトに実装してある検索エンジン「ht://Dig」はあいまいな単語に対する検索は得意ではありません。たとえばタンパク質のFDRの計算方法や表示形式について知りたい場合、普通は「protein fdr」の単語を思いつきますので（といいますか、普通はこれ以外は思いつかいないですね）、この２つの単語の組み合わせで検索すると2014年のプレゼンテーション資料がトップヒットし、期待に応えてくれません。「"protein fdr"」のように二重引用符で囲むと完全一致の文章を検索しますので期待した結果が返ってきますが、「"protain fdr"」のようにスペルをミスるとアウトです。

高機能なGoogle検索を使うこともできます。検索したいサイトを「site」オプションで指定することができますので、「site:matrixscience.com protein fdr」と入力して検索を実行すると関連性の高いページが簡単に見つかりますし、除外したいページや最近更新されたページに絞り込むなどのオプションを使うことができます。Googleの検索のコツ をいくつか覚えると検索結果の精度が高まります・・・今回の小技紹介はGoogleの宣伝になってしまいました。

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