DIA プロテオーム解析において、RAW データ読み込みから定性・定量解析、統計解析とその結果表示までの一連作業がワンパッケージで行えるソフトウェアです。
主な機能
- ３種類の検索対象に対応
- FASTA (配列データベース)
- DDA データ検索結果から作成されたライブラリ
- DIA 検索結果から作成されたライブラリ
- Prosit プログラムとの強い連携。ライブラリ作成に使用する input データ作成機能＆作成ライブラリを使った検索が可能。
- encyclopeDIA を使ったペプチド同定と定量計算
- データ取り込み時に独自の同定結果検証アルゴリズムを適用
- 定量値はフラグメントピークの intensity から計算
- 定量解析の基本であるデータの構造定義を行う Experimental Design 画面
- PCA を含む各種統計解析が可能
- Gene Ontology 情報の表示
- XLS フォーマットで結果内容を出力
- 無償 Viewer ソフトウェアを使って結果のシェアが容易に
タンパク質ベースの結果まとめ・サンプル間の比較表作成
定量値はフラグメントピークのintensityから計算
様々な統計解析・グラフ表示が可能
Gene Ontology(GO)情報
サポートする入力データ
- Thremo RAW
- SCIEX WIFF
- その他 ProteoWizard の MSConvert プログラムで読み込み可能な各社のデータ
3種の検索方法に対応、Prosit プログラムとの強い連携
- FASTA（タンパク質配列データベース）[fasta]
- DDAスペクトルライブラリ[blib,dlib]
- DIA解析結果から作成されたライブラリ[elib]
FASTA配列から仮想的なスペクトラルライブラリを作成するプログラム“Prosit”にて作成されたライブラリを使用可能。さらに、Prosit でライブラリを作成する際に利用する入力データを作成する機能を搭載しています。
インストールするコンピュータの推奨スペック
- OS：Windows 10
- メモリ：32GB以上
- ディスク：SSD（HDDとあわせて1TB以上）
＊prositから得られたライブラリに対して大規模解析を行う場合、搭載メモリを128GB以上にする事を強く推奨します。